Вероятно, первая церковь была построена вместе с первым Табынским острожком, когда в результате указа Петра Первого от 1696 года о переселении стрельцов на «пристанскую поляну» и стоительстве нового острога, в 1698 году «стольник Дмитрей Иванович Молостов в Уфинском уезде на пристане, заложил новопостроенной был город…»
.
Храм был небольшим. Предположительно, на его месте сейчас раполагается храмовая часть современной церкви.
14 июля 1736 г. по указанию статского советника Кириллова Ивана Кирилловича в ходе «Оренбургской экспедиции» была построена крепость в 5 бастионов и тогда же возобновлен Вознесенский храм: «земляной город о пяти бастионах и церковью Вознесения».
Название церкви не было случайным. До 1648 года рядом существовала Вознесенская пустынь, в память о которой церковь и стала Вознесенской.
Также была Пречистенская пустынь, где было первое явление Табынской иконы Богородицы.
Построенная при Иване Кирилловиче Вознесенская церковь была деревянной, как и весь Табынск.
Именно в этой церкви случилось второе, и последнее явление чудотворной
Табынской иконы Божией Матери, где она и прославилась как Табынская.
В 1793 году в Табынске случился пожар и церковь сгорела. Но, волею Божию, святая икона и антиминс были вовремя вынесены из храма.
В 1828 году Вознесенская церковь сгорела во второй раз. И тогда святая икона находилась на святых ключах Воскресенской горы.
Настоящий каменный храм был построен в 1848 году, когда крепость и земляные валы были уже срыты.
Для его строительства на противоположной стороне реки Белой было построено два кирпичных завода, где кирпичи медленно, вручную, месили, формовали, сушили, и затем около недели обжигали в печах.
Сохранились записи от 1897 года церковного историка и педагога-просветителя Ивана Златоверховникова: «Каменная, построена в 1848 году с приделами Казанской Божией Матери и Святаго Николая Чудотворца. Приписано 4 приходских деревни (Павловка, Архангелка, Ахметка (чуваши) и т. д.), в селе 2 земских училища: мужское и женское; храмовой земли 92 десятины (около 100 га.).13. В 1914 г. причт села состоял из 4-х священников и 4-х псаломщиков. Дополнительно было открыто Табынское городской 4-х классное училище на средства Ивана Кузнецова. Земская больница. Ветеринарная лечебница. Почтово-телеграфное отделение. Фотоателье Ступина И. С. А также производства салотопенное, свечное, сыромятное, маслобойное, красильное, кожевенное.» Табынская церковь по доходности тогда была самой богатой в Уфимской епархии.
В 1905 году в Табынск доставлен большой колокол весом 200 пудов.
Здание Воскресенской церкви выполнено в строго классическом стиле тех времен. Основные размеры совпадают с предшествующими храмами. Это может говорить о наличии каменного фундамента, на основании которого впоследствии были сооружены храм 1828 года и каменный 1848 года.
Первоначально церковь состояла из квадратного в плане трехнефного храма с апсидой и без колокольни. В точности повторяя в плане церковь 1736 года. Судя по различию декоративных украшений и оконных проемов, несколько позже с восточной стороны к храму был пристроен уступающий ему по ширине четверик — новый храм с крупным световым барабаном и прямоугольной апсидой алтаря. Прежний храм был превращен в трапезную, в которой остались алтари Казанской Божией Матери и чудотворца Николая.